Нужно определить, был ли уполномочен вообще главный инженер на допуск Леоновой к работе. Смотри ст.67.1 Трудового кодекса.
Вообще, трудовой договор вступает в силу со дня, определенного в нем, или на следующий день после заключения. Так как приказ издан 12, то и в штат она включена 12 числа. Но фактически работала на предприятии с 9. А как оформляется смотри в Трудовом кодексе, раздел 3.