По какому правилу пишется "малЕнькие" - это Проверяемая безударная гласная (если да, то каким словом проверить ?) или непроверяемая безударная гласная.
Можно проверить словом малЕнько
.
Корень в этом слове МАЛ, а гласная - в суффиксе (в суффиксах гласные не проверяются ударением, только в корне). Для него правило такое: после мягкого согласного пишется суффикс -еньк-, после твердого - -оньк- (махонький)