Характер окраски у аметистов деффектно-дырочный, т.е. в результате замещения ионов кремния 4+ на трёхвалентное железо возникает дефицит + заряда, который компенсируется вхождением в пустоты одновалентных щелочных катионов, реже входит протон. Неравномерность окраски связана с неравномерным распределением этих примесей (железа) в решётке.
Это классическое объяснение, сама я природу окраски аметиста не изучала! Но у нас в магазине есть журналы очень хорошие, если номер с аметистом есть, то можно почерпнуть информацию ещё из них.