На практике генетические карты используются в медицине. Это помогает при диагностике некоторых тяжелых наследственных заболеваний.
Кроме этого, используют их для исследования эволюционных процессов. Для них тоже нужны генетические карты. Обычно сравнивают карты разных видов.