1) У Земноводных развито кожное дыхание, также дышат легкими (головастики имеют жабры). При этом Пресмыкающиеся дышат только легкими.
2) Вследствие появления шейного отдела у Пресмыкающихся, строение дыхательной системы у них более сложное, чем у Рептилий. Воздух у них проходит сначала по трахее, а из нее переходит в бронхи, которые открывают проход к легким. У Земноводных дыхательная система проще.
3) Пресмыкающиеся дышат засчет поднятия грудной клетки, а Земноводные засчет подъема дна ротовой полости.