Многие папоротники используют в медицине. Из корневищ щитовника мужского делают противоглистные препараты; лигодиум мелколистный используют для лечения открытых ран, схизею вильчатую, при лечении кашля и болезней горла. Лекарственным растением является папоротник орляк.
Хвощ полевой: стеблях хвощей много кремнезёма, поэтому они очень жёсткие. Ими можно пользоваться как наждачной бумагой, а англичане даже полы выскабливают хвощом.
Виды плаунов используют как лекарственные, красильные, косметические и декоративные растения.