Мирза Фатали Ахундов родился 30 июня 1812 года в Нухе (ныне Шеки) в семье крупного ахунда. Его отец - Мирза Мамед-Таги в 1811 году в торговых целях прибыл из персидского Азербайджана в Нуху, где женился на племяннице известного в городе духовного лица - ахунда Гаджи Алескера. После рождения сына семья переехала в Иран.