Прелюдии и фуги: C-dur, D-dur, e-moll, f-moll, g-moll, A-dur, d-moll, G-dur, a-moll, h-moll, C-dur, c-moll, C-dur, e-rnoll, c-moll, G-dur, a-moll, Es-dur.
Фантазии и фуги: g-moll, c-moll, a-moll.
Токкаты с фугами: F-dur, E-dur, d-moll (Дорийская), C-dur, d-moll.
Восемь маленьких прелюдий и фуг: C-dur, d-moll, e-moll, F-dur, G-dur, g-moll, a-moll, B-dur.
Прелюдии: C-dur, G-dur, a-moll.
Фуги: c-moll, c-moll, G-dur, G-dur, g-moll, h-moll (на тему Корелли).
Фантазии: C-dur, G-dur, G-dur, h-moll, C-dur (неоконченная).
Пастораль F-dur. Трио.
Пассакалья c-moll.
Концерты Вивальди (a-moll, C-dur, d-moll) и других авторов. Konzertsatz C-dur.
Сонаты: Es-dur, c-moll, d-moll, e-moll, C-dur, G-dur.
Orgelbuchlein — 46 коротких хоральных прелюдий.
Хоральные вариации: «Christ, der du bist der helle Tag («Ты весь, как светлый, ясный день»); «О Gott, du frommer Gott» («О ты, сладчайший»); «Sei gegriisset, jesu gutig» («Шлю привет тебе, желанный») и другие.
Канонические вариации «Vom Himmel hoch, da Komm'ich her («С высот небесных»).
Шесть хоралов («Шюблеровские»).
13 хоралов (так называемые «большие»; последний из них — предсмертный: «Vor deinen Thron tret'ich («У престола»).
Хоральные обработки «Прелюдии к катехизису и прочие песнопения» (12 больших и 9 малых). Вошли в III часть «Klavieriibung».
Хоральные обработки (главным образом, юношеского периода), не вошедшие в указанные сборники.
24 хоральные обработки (собрание Кирнбергера).