Можно задать как и падежный , так и смысловой. Но больше тут конечно подходит смысловой: птенец выпал (откуда?) из гнезда (остаятельнство,подчеркивается _._._._). Ну и так же может быть,не исключено,падежный вопрос: птенец выпал (из чего?) из гнезда (дополнение,в Р.п.,подчеркивается _ _ _ _ _)