Температура воды. Чем она выше (в разумных пределах. не до кипятка, конечно), тем сильнее зарастание.
Доступность минеральных и органических веществ (например, смыв в воду азотных и фосфорных удобрений, это называется эутрофизация водоёмов).
Малочисленность популяций растительноядных рыб и беспозвоночных (всю рыбу валовили).