В течении долгого времени биологи не могли определить, видит ли в темноте летучая мышь [запятая стоит, потому что это сложное предложение]. Принесли в кабинет летучую мышь, зашторили окна, заткнули все щели и дыры, следя за тем, чтобы в комнату не проникал свет [однородные члены, однородные члены, деепричастный оборот, сложноподчиненное предложение].