Есть разные значения слова ступенчатый:
ступенчатый - имеющий ступени, расположенный ступенями
ступенчатый - протекающий поэтапно, ступенями
в первом случае оно образовалось от слова ступень со значением: один из горизонтальных выступов лестницы, на который ступают при подъеме и спуске
во втором случае от слово ступень в значении: этап, стадия в развитии