Плодовое тело гриба так же, как и грибница, состоит из грибных нитей — гиф. Только здесь они не ветвятся, а плотно прилегают одна к другой, образуя мякоть ножки и шляпки. Грибные нити в плодовом теле обычно «специализируются» на выполнении определенных работ. Покровные гифы, например, вырабатывают различные красящие вещества, от которых и зависит окраска гриба. По другим гифам в плодовое тело поступает вода и растворенные в ней питательные вещества. Наконец, есть гифы, содержимое которых ярко окрашено пигментами и содержит мельчайшие капельки жира и смолистого вещества (млечный сок) . Он есть у рыжиков, груздей, сыроежек и др.
Ножку гриба составляют вертикально расположенные и плотно соединенные между собой грибные нити. Они несут из грибницы питательные вещества к шляпке, в которой по мере роста гриба созревают споры.
Нижняя часть шляпки грибов устроена по-разному. У таких грибов, как боровик, подосиновик, подберезовик, масленок, она состоит из множества трубочек, сросшихся между собой (трубчатые грибы) , а у таких, как рыжик, груздь, шампиньон, на нижней части шляпки находится много пластинок (пластинчатые грибы) . У трубчатых грибов споры образуются внутри трубочек, у пластинчатых — по обеим сторонам пластинок. У сморчков, строчков, трюфелей и др. (сумчатые грибы) споры образуются на всей поверхности ячеистой или извилистой шляпки, у дождевиков — внутри плодовых тел.