Они
перебирали крыжовник, (1) желуди и шоколадные конфеты,(2) которые перемешались в
шёлковом мешке жонглёра (3).
3 - точка в конце повествовательного предложения с
законченной мыслью.
2 - запятая между частями сложноподчиненного
предложения отделяет определительную придаточную часть от главной.
1 - запятая отделяет однородные члены, в данном
случае дополнения, которые связаны бессоюзно.