Во втором склонении существительные с нулевым окончанием - это
сущ. м. рода (мяч, ландыш), в других падежах это окончание (-Е) появляется, например в П.п. ед.ч : о мяче, о ландыше,
сущ. второго склонения на -ий ( у них тоже нулевое окончание: гений, сцерарий, где ий это часть корня) в П.п ед. ч. имеют окончание -И
сущ. на -ей (это тоже часть корня) - воробей, музей - имеют те же окончания (-Е), что и сущ. м.р. с основой на мягкий согласный (как и лось, олень)