Легкий чемодан. У слова легкий прямое значение, т.е. чемодан небольшой по весу. А в сочетании "легкая задача" оно имеет отвлеченное значение - простая, несложная.
Аналогично рассуждаем и в остальных примерах:
Атмосфера земли - прямое значение, воздушная оболочка планеты.
Атмосфера дружбы - переносное, общее настроение, чувство, царящее в данном месте.
Корень дуба - прямое значение, т.е часть дерева под землей.
Корень зла - переносное, т.е причина зла.
Трусливый заяц - прямое значение, животное.
Ехать зайцем - переносное, т.е ехать без билета.
Свежий хлеб - прямое, т.е испеченный недавно, нечерствый
Свежие новости - переносное, недавние, последние новости.
Злой человек - прямое значение, недобрый, грубый человек.
Злой ветер - переносное, т.е сильный, неприятный ветер.Открытое окно - прямое значение, тут и без объяснений ясно.
Открытая улыбка - переносное, очень добрая, искренняя улыбка.Глубокая река - прямое, т.е с большим количеством воды.
Глубокие знания - переносное, т.е большой объем знаний, качественные знания.