Все реки Молдавии относятся к бассейну Чёрного моря. Наиболее крупные реки — Днестр иПрут. Среди прочих рек выделяются притоки Днестра — Реут, Бык, Ботна,Икель, а также реки Когыльник (Кундук),Ялпуг. Главные источники питания рек — снеговые и дождевые воды.
Прут и Днестр замерзают обычно во второй половине декабря, реже — в январе и характеризуются непродолжительными ледоставами (1—2,5 месяца). Примерно раз в 5—6 лет эти реки вообще не замерзают, а в холодные зимы на них образуются ледяные заторы.
У Молдавии есть выход к Дунаю.