Главное отличие:
У прокариотов нету ядра, а у эукариотов есть оформленное ядро.
Дополнительные отличия:
1)Раз у прокариота нету ядра, значит нет митоза/мейоза.
Бактерии размножаются делением надвое.
2) У прокариотов из органоидов имеются только рибосомы.
А у эукариотов помимо рибосом есть множество других органоидов ( например: митохондрии, эндоплазматическия сеть, клеточный центр и т.д.)
3) клетка прокариота гораздо меньше клетки эукариота.
По диаметру в 10 раз, по объему в 1000 раз