Ивонская война закончилась поражением России, практической потерей ею выхода к Балтийскому морю. Борьба за возвращение выхода к Балтийскому побережью стала с этого времени важнейшим направлением российской внешней политики.
Причины неудачи коренятся, во-первых, в неверной оценке расстановки сил в Прибалтике: начиная войну с Орденом, Иван IV не предвидел вмешательства в нее новых соперников, борьба с которыми оказалась России не под силу. Во-вторых, поражение было вызвано ослаблением России в результате внутренней политики Ивана IV, прежде всего - опричнины.Поражение в Ливонской войне в условиях разложения экономики, при значительных людских потерях ослабило Россию. Падение международного престижа, ограничение торговли через порты Балтийского моря привели к сокращению международных связей Московского государства.