За 100% принимаем то значение, с которым сравниваем. В первом случае 100% цена в Подольске, во втором случае - цена в Москве, т.к. сравниваем с Москвой.
(4 - 3) : 3 * 100 = 33 1/3% - цена в Москве дороже, чем в Подольске.
(4 - 3) : 4 * 100 = 25% - цена в Подольске дешевле, чем в Москве.