Своё правление Дарий начал с того, что восстановил все привилегии персидской знати, отменённые Гауматой. Это вызвало резкую оппозицию у подвластных персам народов. Первыми восстали эламиты и вавилоняне. В Эламе некий Ассина провозгласил себя царём Элама, но был разгромлен посланными Дарием войсками, пленён и доставлен к персидскому царю, который его казнил.
Вавилоняне восстали под руководством Нидинту-Бела, который объявил себя Навуходоносором, сыном Набонида. Уже к 3 октября 522 года до н. э. Нидинту-Бел был признан царём в Сиппаре, Борсиппе и в других городах Вавилонии. Восстание вавилонян обрело настолько широкий размах, что Дарий счёл необходимым лично возглавить поход против них. Войско вавилонян заняло оборону возле Тигра, прикрывая переправы через реку, но Дарий, посадив своих воинов на верблюдов, лошадей и на надутые меха, переправился вплавь через Тигр и внезапным ударом рассеял армию вавилонян (24-й день месяца ассиядия — 13 декабря 522 года до н. э.). Через 5 дней (2-й день месяца анамака — 18 декабря) у города Зазана на Евфрате произошло второе сражение Дария с восставшими. Вавилоняне вновь потерпели поражение, большая часть их армии была прижата к реке и сброшена в воду. Нидинту-Бел бежал и укрылся в Вавилоне. Дарий взял мятежный город. Нидинту-Бел и другие 48 руководителей восстания были преданы казни. Не исключено, что Нидинту-Бел действительно был сыном Набонида, после пленения которого прошло всего 17 лет. На Бехистунском рельефе Нидинту-Бел изображён пожилым человеком. Не лишено интереса и то, что после захвата Нидинту-Бела в плен, Дарий не стал его показывать народу, как обычно поступал с самозванцами, выдающими себя за представителей древних династий.
О восстании вавилонян говорит и Геродот, но относит его ко времени более позднему и рассказывает такие подробности, которые едва ли совместимы с повествованием надписи. Вавилоняне крайне ожесточены. Они убивают большинство женщин, как лишние рты; Дарий осаждает бесплодно Вавилон двадцать месяцев, испытывая только издевательства осаждённых. Не помогает и пример Кира (отведение реки), и Вавилон падает только благодаря самопожертвованию Зопира, который изувечил себя и перебежал к врагам якобы из мести Дарию, подвергшему его увечью, и затем, сделавшись полководцем вавилонян, передал город Дарию. Последний срывает укрепления Вавилона, казнит три тысячи вавилонян и заставляет остальных жениться на иногородних женщинах, так как своих они истребили. Зопир за свою преданность назначается сатрапом Вавилонии. Видно тут отразилось семейное предание, записанное Геродотом со слов перебежавшего к грекам Зопира, внука того героя Зопира, сатрапа Вавилонии. Однако для времени продолжительной осады указанной Геродотом у нас нет соответствующих хронологических рамок.
Хотя надписей, оставленных самозванцем, не сохранилось, но следы восстания можно усмотреть в нескольких контрактах банкирской конторы Эгиби и сыновей. Они помечены именем «Навуходоносора, царя Вавилона» и именами свидетелей — сыновей Эгиби, тождественных тем, которые подписывались на контрактах времени Камбиса, Лжебардии и Дария, следовательно не могут относиться ко времени великого Навуходоносора II. Годом «начала царствования» Навуходоносора III датированы за подписью Итти-Мардук-балату сына Эгиби таблички с 10 числа 7-го месяца до 21 числа 9-го месяца, следовательно, царствование самозванца Нидинту-Бела продолжалось не более 3-х месяцев. Кроме того найдена табличка, датированная 6-м числом 10 месяца «начала царствования Дария»; следовательно, уже через четыре дня после битвы при Зазане Вавилон был во власти Дария, и о продолжительной осаде не может быть и речи.