Деятельность правительства Годунова была нацелена на всестороннее укрепление государства. Благодаря его стараниям в 1588 был избран первый русский патриарх, которым стал митрополит Иов. Во внутренней политике Годунов руководствовался здравым смыслом и расчетом, стремился преодолеть хозяйственную разруху. Кризис 1570-х — начала 1580-х заставил правительство пойти на установление крепостной зависимости. В 1580-1590 была проведена валовая перепись, в 1584 отменены церковные тарханы, в 1592-1593 был установлен «Юрьев день» . В 1597 был издан указ об «урочных летах» , согласно которому крестьяне, бежавшие от господ «до нынешнего.. .году за пять лет» подлежали сыску, суду и возвращению «назад, где хто жил» . На бежавших шесть лет назад и ранее указ не распространялся, их прежним владельцам не возвращали. В целях поддержания хозяйств мелких и средних помещиков была «обелена» их запашка. Уложение 1597 отрегулировало положение холопов, прежде всего кабальных.
В городах проводилось «посадское строение» , которое удовлетворило некоторые интересы горожан. Были ликвидированы «белые слободы» , население которых не платило налогов. Теперь же все, кто занимался торговлей и промыслами, должны были войти в состав посадских общин и участвовать в платеже повинностей в казну — «тянуть тягло» . Таким образом, возросла численность тяглых людей. Рост поступлений в казну позволил развернуть активное строительство городов, крепостных сооружений; с размахом осуществлялось церковное строительство. Годунов действенно поощрял колонизацию Сибири и южных районов страны.
Во внешней политике Годунов проявил себя как талантливый дипломат. Ему удалось частично ликвидировать последствия Ливонской войны. 18 мая 1595 в Тявзине (близ Ивангорода) был заключен мирный договор между Россией и Швецией. Воспользовавшись сложной внутриполитической ситуацией в Швеции, Годунов сумел вернуть России Ивангород, Ям, Копорье, Корелу. В 1580-1590-х укрепились русские позиции на Северном Кавказе, в Закавказье, Заволжье, резко возрос объем внешней торговли через Архангельск и по Волге.
Начало царствования ознаменовалось сближением России и Запада. Годунов приглашал иноземцев на службу, освобождал их от налогов. Новый царь даже хотел выписать из Германии, Англии, Испании, Франции ученых, чтобы учредить в Москве высшую школу, где бы преподавались разные языки, но этому воспротивилась церковь. Успешное начало царствования прервала цепь бедствий. 1601 год выдался необычайно дождливым, рано ударили морозы. По словам современника, «поби мраз сильный всяк труд дел человеческих в полех» . В следующем году неурожай повторился. Цена хлеба увеличилась в 100 раз. Массовый голод продолжался три года. Царь указом ограничивал цены на хлеб, преследовал тех, кто взвинчивал цены, но успеха не добился. Стремясь помочь голодающим, он раздавал беднякам деньги. Но хлеб дорожал, а деньги теряли цену. Борис приказал открыть для голодающих царские амбары. Но их запасов не хватало на всех голодных, тем более, что, узнав о раздаче, люди со всех концов страны потянулись в Москву, бросив те скудные запасы, которые все же имелись у них дома. Около 127 тысяч умерших от голода было похоронено в Москве, но и хоронить успевали не всех. Появились случаи людоедства. Люди начинали думать, что это — кара Божья. Возникало убеждение, что царствование Бориса не благословляется Богом, потому что оно беззаконно, достигнуто неправдой. Следовательно, не может кончиться добром.
В 1601-1602 Годунов пошел на временное восстановление Юрьева дня. Он разрешил не выход, а лишь вывоз крестьян. Помещики таким образом спасали свои имения от запустения и разорения. Разрешение, данное Годуновым, касалось мелких служилых людей, оно не распространялось на земли членов Боярской думы и духовенства.