Первые изменения были произведены в армии уже в конце 50-х — начале 60-х годов. Были окончательно упразднены военные поселения.
С 1862 г. начата постепенная реформа местного военного управления на основе создания военных округов. Создавалась новая система военного управления, устранявшая чрезмерную централизацию, и способствовавшая быстрому развертыванию армии в случае войны. Осуществлена реорганизация Военного министерства и Главного штаба.
В 1865 г. стала проводиться военно-судебная реформа.