Причина в том, что Борис Годунов не был законным царем, власть ему досталась не по наследству, он не был сыном царя. А значит он не из избранного Богом рода, он самозванец, к тому же, вполне возможно, убил царевича Дмитрия, убийца. И все, что у него не получалось (например голод 3 года подряд), приписывали к Божьему гневу. Это, конечно, несправедливо так относиться к Борису Годунову. Он изо всех сил старался навести в стране порядок. Многе ему удалось, многое - нет. Но не считаться с его заслугами просто несправедливо.
:)