В 2009 году на территории Республики Карелия были зарегистрированы 194 религиозных организации, представлявшие 18 конфессий и течений. Верующие в основном христиане: православные, лютеране и католики.
Православные Карелии объединены в Карельскую митрополию, которая включает в себя две епархии: Петрозаводскую и Карельскую епархию, Костомукшскую и Кемскую епархию.
Лютеране Карелии разделены между Церковью Ингрии (Карельское пробство: 17 приходов) и Карельской лютеранской церковью.
Католики имеют один приход Неустанной Помощи Божией Матери в Петрозаводске.
В 1997 году зарегистрирована Петрозаводская еврейская религиозная община.
В 2001 году в Карелии зарегистрирована исламская организация Духовное Управление мусульман Республики Карелия.
Активную деятельность ведут представители Церкви Иисуса Христа Святых последних дней — мормоны.
Карелия является исторической родиной старообрядческой Поморской церкви. Старообрядческая Поморская община «Выгорецкая обитель» в наше время зарегистрирована в 1997 году в Повенце.