Музей-заповедник, созданный в результате слияния Литературного музея А.П.Чехова и Краеведческого музея Таганрога, объединил и музейные коллекции этих двух музеев, разнообразные и во многом уникальные.
Многие предметы, связанные с историей города и края, являющиеся свидетелями событий не одного столетия, принадлежавшие известным лицам, несомненно имеют историческую, научную и художественную ценность и составляют значительную часть основного фонда музея, насчитывающего 173229 ед.хр.
Фонды музея классифицированы по видам хранения: археологические и естественно-исторические памятники, фото и документы, предметы из драгметалла, книги, предметы прикладного и изобразительного искусства, предметы быта и этнографии, нумизматическая коллекция и др. Всего в фондах музея-заповедника 25 коллекций, размещенных в фондохранилищах, площадью 1800 кв.м.