Была та смутная пора - это главная часть сложно-подчиненного предложения
КОГДА РОССИЯ МОЛОДАЯ, В БОРЕНЬЯХ СИЛЫ НАПРЯГАЯ, МУЖАЛА С ГЕНИЕМ ПЕТРА. - это придаточная часть этого предложения (между главной и придаточной запятая.
В БОРЕНЬЯХ СИЛЫ НАПРЯГАЯ
- это деепричастный оборот, который надо выделять запятыми с двух сторон