1) Сложные предложения различаются по типам связи.Всего выделяют 4 вида сложных предложений: сложносочиненное предложение, сложноподчиненное предложение, бессоюзное и сложное предложение с различными видами связи (смешаный вид).
2) Если хорошо подумать, то они не могут влиять на пунктуацию. Типы связи различаются только союзами или их отсутсвием. Хоть ставь сочинительные союзы, хоть подчинительные, мы все равно будем писать запятую между двумя простыми предложениями в составе сложного. Так что нет, на пунктуацию это различие не влияет :)