Казаки были активными участниками Смутного
времени, занимая самые противоположные стороны.
Часть казаков поддержала Лжедмитрия, который,
несмотря на то, что в глазах церкви был
незаконным претендентом на престол, был, по их
мнению, рожден все же от Ивана Грозного, пускай и
от послепятого брака. Таким образам, в глазах
казаков это был вполне законный претендент на
русский престол.
В июне 1605 года войско Лжедмитрия вошло в
Москву, Годунов был убит. Запорожские казаки,
приставшие к войскам Дмитрия (Лжедмитрия) в
количестве 17 тыс. человек, ненавидя бояр и
покорное им население за измену присяги, огнем и
мечом прошлись в 1606 году по Пронску, Зарайску,
Рязани, в 1611 году напали на Козельск, в 1612
году взяли Вологоду и истребили за преданность
местным боярам всех её жителей. В 1617 году
запорожские казаки напали на Новгородскую
область и разорили Углицкий, Пошехонский и
Вологодский уезды. Затем казачьи полки двинулись
в северном направлении и опустошили Тотьму,
Навагу, Великий Устюг, а также Заонежье, Олонец
и добрались до Ледовитого океана. Оттуда, через
Каргополь и Новгород запорожцы возвратились к
себе в Малороссию с множеством пленных. «Такое
было время. Свободолюбивое казачество XVII века
карало Древнюю Русь за ее косность и собачью
преданность клятвопреступному боярству…» (Е.П.
Савельев, «Древняя история казачества», 1916).
Казаки стали основной силой антифеодального
выступления начала XVII века, известное, как
«восстание Болотникова». Иван Исаевич
Болотников происходил из обедневших дворян. В
молодости он попал в холопы к князю Телятевскому,
от которого бежал на Дон, к казакам, и
участвовал в многочисленных походах. Во время
одного из походов Болотников попал в плен к
крымским татарам, где провел несколько лет
галерным рабом. Из плена его вызволили немцы.
Пожив в Италии, Германии, Венгрии, Болотников
оказался в рядах запорожских казаков, вскоре был
избран ими атаманом и водил их в походы на
турок. В одном из походов отряд Болотникова
пришел в Польшу, а оттуда двинулся в Россию. В
июне 1606 года отряд Болотникова пришел в
Путивль, где атаман Болотников стал во главе
начавшегося уже восстания против воцарившегося в
то время на престоле боярина Василия Шуйского. К
Болотникову присоединялись казаки, крестьяне,
ремесленники, обедневшие дворяне.