Это простейшие. Но строение и класс у них разный, например, у эвглены класс жгутиконосцы, а у инфузории туфельки - ресничные. Отличается внутреннее строение, способы передвижениями, и в некотором случае питанием (говорю сейчас о автотрофном и гетеротрофном).
Приведу примеры отличия:
Амера передвигается с помощью ложноножки, эвглена - с помощью жгутика, а инфузория - с помощью ресничек. У инфузории туфельки самое сложное строение.