У процесі історії взаємозв'язки науки і релігії характеризувалися як гострими, нерідко трагічними конфліктами, так і спробами примирити науку й релігію. Конфлікти вибухали тоді, коли релігія намагалася привласнити монопольне право визначати все духовне життя суспільства, бути вищим арбітром істини в поглядах на світ. У боротьбі з теологією наука завоювала собі право на незалежне від релігії існування. Відбулося розмежування сфер релігійної віри і наукового пізнання — наука, пізнаючи навколишній світ, використовує власні методи і відповідно до принципів наукового мислення пояснює його на основі внутрішніх закономірностей розвитку. Релігія зосередила свою увагу на так званих граничних питаннях людського буття, зокрема на питаннях про походження людини, сенсу і цінності життя, безсмертя душі, її існуванні в потойбічному світі тощо. Головним методом вирішення цих питань у теології є релігійна віра.
Питання про те, що знаходиться в центрі Всесвіту — Земля чи Сонце — більше не є предметом дискусій між наукою та релігією. Будова і закономірності розвитку Всесвіту знаходяться повністю в компетенції науки. Здобуті наукою знання про навколишній світ не розглядаються як абсолютні. В процесі пізнання вони уточнюються і поглиблюються. Але релігія й нині претендує на абсолютну істину у розв'язанні таких питань, як походження світу, людини, сенсу і цінності її життя. Зберігаються розбіжності між наукою і релігією у поглядах на істину. їх суттєві ознаки такі:
I. Як наука, так і релігія пропонують людині певний вибір положень, кожне з яких видається за істинне. Водночас вихідний пункт і обгрунтування істин науки і релігії різні. Науковий світогляд, пропонуючи як істинні, наприклад, твердження про те, що Всесвіт нескінченний у просторі й часі, що причиною грому є електричні розряди, а грипу — віруси тощо, виходить із реальної дійсності та міри проникнення у цю дійсність.
Коли ж релігія пропонує на віру, наприклад, те, що існує потойбічне життя, що Ісус Христос своєю кров'ю сплатив Богові за наші гріхи та забезпечив нам райське життя на небі, що згодом настане Армагеддон і т.п., — для ствердження цього вона посилається на тексти священних книг: Біблію, Коран, Зенд-Авесту, Веди, Трипітаки тощо.
II. Вивчаючи дійсність, наука формує свої положення у вигляді гіпотез, теорій і законів. Релігія ж формує свої положення у вигляді «абсолютних істин». Зміна догм веде до зміни релігій: вклоняєшся іконі — ти православний, перестав вклонятися іконі — ти протестант. Хрестишся трьома пальцями —православний, двома — старообрядець, п'ятьма — католик.
III. Істинність наукових положень підтверджується чуттєвим сприйняттям, раціональним аналізом, перевіркою на практиці. Жодна з релігій не витримує такої перевірки, її основні положення сприймаються на віру.
. Наукові положення сприймаються і засвоюються людиною завдяки їх переконливості, доказовості, доступності для вивчення, перевірки на практиці. Релігійні вірування прищеплюються людині навіюванням і самонавіюванням. У дитинстві релігії навчають батьки, а в подальшому житті стереотипи, що склалися, підтримуються у віруючого релігійними проповідниками, спілкуванням з одновірцями. Читання молитов, діяльна участь у релігійному житті громади є активною формою самонавіювання релігійних вірувань. Отже, віруючий в оточенні мусульман і сам стає мусульманином, серед християн — християнином, серед буддистів — буддистом. Бурхливий розвиток наукових знань, величезні здобутки науково-технічного прогресу поступово формують нове ставлення до навколишнього світу, новий тип культури і розуміння пізнавальних можливостей людини, яке, за влучним висловом Аапласа, не потребує гіпотези про Бога. В минулому релігія посиланнями на Бога довела пояснення людині тих явищ, яких вона не розуміла і пояснити не могла. Релігійна віра, як говорили філософи, компенсувала людині незнання. Нині ситуація цілком змінилась. Наукове пізнання навколишнього світу не залежить від релігії.