Когда Вы сжимаете пипетку, то из нее выходит воздух, на месте него образовыватся вакуум. Так как вакуум постоянно заполняется чем-либо(он в себя втягивает вещество, которое находится ближе всего), и если пипетку опустить в воду, то этот вакуум заполнится водой при разжимании "резинки". Если бы пипетка не была в воде, то она бы заполнилась воздухом.