Почему он плывет за нами, подумал я
в конце нужен вопросительный знак или надо ставить точку?
Нужно объяснение
Но можно и так. "Почему он плывёт за нами?" - подумал я.
Надо ставить точку.
Это сложноподчинённое предложение. Главная часть - подумал я. Она не имеет вопросительной интанации.