1. Только одно объяснение: в центре шариков каким-то образом (неважно, каким!) имеется область повышенной плотности, много меньшая, чем размер шариков.
2. Вот так и объяснил.
Это знаменитый опыт Резерфорда (вообще-то сам эксперимент его ученики провели, Мардсен и Гейгер. Но идея и объяснение — его!). Бомбардировка тончайшей золотой фольги α-частицами. 1909 год.
А двумя годами позднее Резерфорд сформулировал планетарную модель атома (на основании этих экспериментов).
Согласно этой теории атом состоит из массивного положительно заряженного ядра и вращающихся вокруг него на громадном (по сравнению с размером ядра) расстоянии электронов.
Потом уже Нильс Бор теорию Резерфорда слегка подправил...