Основой для акварели является, как правило, бумага, которую часто предварительно смачивают водой для достижения особой размытой формы мазка. Т.е. основа - вода.
Аквариум - прозрачная емкость для постоянного содержания водных организмов. Т.е. основа - вода.
Правило написания - словарные слова с основой "аква".