Масштабы экосистем в природе чрезвычайно различны. Неодинакова также степень замкнутости поддерживаемых в них круговоротов вещества, то есть многократность вовлечения одних и тех же атомов в циклы. В качестве отдельных экосистем можно рассматривать, например, и подушку лишайников на стволе дерева, и разрушающийся пень, с его населением, и небольшой временной водоем, луг, пустыню, весь океан, и, наконец, всю поверхность Земли, занятую жизнью.