1) Церковь своеобразно прививала людям терпение: "в этой жизни ты бедный, а следующей будешь господином. терпи". Также создавала рамки морали, выйдя за которые - станешь грешником.
2) Все, что делается - делается богом. Земля плоская и стоит на слонах, гром - это гнев бога, солнце крутится вокруг земли и.т.д
3) В городах, как правило, больше людей. Там легче собраться единомышленникам. Там и появились первые университеты в 10-12 вв. Ну и начались исследования.