Потому что капилляр частично передавлен непосредственно у баллона со ртутью. При остывании градусника столбик ртути в этом месте разрывается и его верхня часть остается на месте. При встряхивании ртуть под действием центробежных сил продавливается обратно в баллон. Эти процессы можно даже пронаблюдать визуально.
Проще говоря, ртуть сама сжимается при остывании, и встряхивание тут ни при чем. В остывшем градуснике можно даже увидеть разрыв в ртутном столбике в том месте, где капиляр выходит из колбы. И хотя ртуть прилипает к стенкам капиляра - она вполне может стечь обратно в колбу. Но не стекает, потому что на стыке колбы и капиляра находится тоненький капилячик, и вот к его стенкам ртуть прилипает "намертво" - только встряхивание заставяет ее протекать в колбу.