Незначительные успехи Харуна, расположившегося с армией в Ракке, существенно не изменили военную обстановку, война затянулась, и у халифа не оказалось сил, чтобы нанести Византии решающее поражение. А в 805 году Харун вынужден был вообще прекратить кампанию в Анатолии из-за волнений в Хорасане. Стали сбываться предостережения Бармакидов. В свое время аль-Фадл успешно управлял Хорасаном, но Харун заменил его начальником багдадской гвардии Али ибн Исой ибн Маханом, притеснявшим жителей налогами, часть которых отправлял не в казну, а лично Харуну. Чтобы успокоить хорасанцев, Харун в 805 г. прибыл в провинцию, но наместника не сместил, в результате чего в 806 году в Хорасане вспыхнули серьезные волнения, которые возглавил внук омейядского правителя Насра ибн Саййара — Рафи ибн Лайс. Он сумел собрать вокруг себя иранцев и тюрок из Мавараннахра и в 808 году захватил Самарканд. Харун вынужден был двинуться с войском против повстанцев, но по дороге Умер в Тусе в 809 году.