Дело в том, что асцидий причислили к Хордовым исключительно из-за морфологических признаков их личинок. Личиночная стадия асцидий по своим признакам схожа с ланцетником, т.е. у неё присутствует хорда. У взрослых же особей происходит деградация и утеря признаков Хордовых. Поэтому подтип и носит название Личиночно-хордовые.