Доказательств теории нет, на то она и теория , есть только некоторые подтверждающие ее факты, а именно
1)наличие переходных форм
2) проявление атавизмом и рудиментов ( как дань тому, что когда-то они имели место быть, но утратили свое значение)
3) многообразие видов
4) изменчивость и влияние внешних факторов на проявление признаков