5 февраля (по новому стилю) 1589 г. при Царе Феодоре Иоанновиче было учреждено Патриаршество. Это был закономерный и глубоко символичный акт наследия Русской землей церковного значения и славы древней Византии, подпавшей под османское владычество. На смену "Второму Риму" (Константинополю) пришел "Третий Рим" во всем могуществе православного Московского государства.
Уже после Флорентийской унии (1439) на Руси начали сомневаться в правоверии греческого духовенства. «Одержимый прежде благочестием святой град Константинополь ради латинские прелести погибе» - таково было общее мнение того времени. Зависимость Русской Церкви от Константинопольского Патриарха с XV в. стала номинальной, а покорение Константинополя турками (1453) совсем уменьшило ее.
В "Уложенной грамоте об учреждении Московского Патриархата" Царь Феодор Иоаннович пишет: «И мы, помыслив о сем превеликом деле, чтоб с Божией помощью в царствующем граде Москве устроить превеликий престол Патриарший, объявили царскую мысль свою архиепископу Константинополя, Нового Рима, и Вселенскому Патриарху. И слышав таковая, пресвятейший Иеремей, Вселенский Патриарх, сказал так: "Воистину от Бога таковая благочестивый царь, великое Российское царство, Третий Рим, благочестием всех превзыде"».
И вот, 26 января (8 февраля) в Успенском соборе Кремля при огромном стечении народа во главе с Царем Феодором Иоанновичем Константинопольский Патриарх Иеремия совершил поставление первого русского Патриарха - Иова.
Избрание следующих Патриархов происходило следующим образом. После смерти Патриарха блюститель патриаршего престола, обыкновенно митрополит Крутицкий, от имени Царя рассылал грамоты ко всему духовенству с приглашением в Москву для избрания Патриарха.
Форма избрания Патриарха была открытая или посредством жребия, установившаяся после смерти Филарета. Имена шести кандидатов из старших иерархов писались на шести бумажках равной величины, бумажки обливались со всех сторон воском, припечатывались царской печатью и посылались Собору, заседавшему в московском Успенском соборе.
Три жребия клались на панагию умершего Патриарха; затем все члены собора облачались и служили акафист Богородице, после чего из трех жребиев вынимались два и откладывались в сторону. Также поступали и с другими тремя. Из оставшихся двух жребиев вынимали один, который и содержал имя избранного Патриарха. Нераспечатанный жребий отдавался боярину, который относил его Царю; Царь распечатывал и объявлял опять через боярина собору имя избранного.
Патриархи сыграли огромную роль в трудные времена для российской государственности. Особенно велика заслуга святого Патриарха Гермогена, призыв которого стал решающим для спасения Руси во время польской оккупации.