Загрязнение гидросферы происходит с поверхностным, речным стоком, а также при использовании рек и морей в качестве транспортных путей.
Речные и морские порты создают локальные зоны загрязнения окружающей среды. В них пересекаются, как правило, несколько видов транспорта. Порты осуществляют накопление, хранение и сортировку грузов, их принятие и отправление, выполнение перегрузочных работ и пассажирских операций, бункеровку судов (заправку топливом, водой, продуктами питания и т. д.).
Нефть и нефтепродукты - опасные загрязнители.