Как бы ни был мал дождь, он всегда вымочит до последней капли.(почему пишется "Ни"?)

Все очень просто.
данное (сложное) предложение является утверждением, а значит, частица "ни" усиливает это утверждение.
пример сложного предложения с частицей "ни" -
Куда ни посмотри, повсюду вода