По условиям залегания стоянки делятся на торфяниковые, аллювиальные и дюнные. В торфе расположена, между прочим, архаичнейшая из этих стоянок, Льяловская (в 40 км к северу от Москвы). В ней ещё встречаются макролиты, хотя есть уже полировальные плиты. Люди жили здесь на настиле из жердей на берегу озера. Многие озёра того времени вообще превратились в торфяники. Пыльцевой анализ (в торфе, много пыльцы) установил для Льяловской стоянки, что деревья были преимущественно широколистными (дуб и т. п.), что климат был тёплый и влажный. Это ещё атлантический период, и стоянка датируется IV тысячелетием до н. э.
В аллювии, т. е. в речных или озёрных отложениях, найдено много стоянок. Из них известны по архаичности и обилию находок Ладожская и Коломны. Ладожская стоянка (на Ладожском озере) в изобилии дала полированные орудия. Здесь был слой намывного торфа, в котором сохранился долблёный дубовый чёлн (торф часто сохраняет дерево). В стоянке Коломны (под Новгородом, на озере Ильмень) любопытным примером неолитического рисунка являются фигурки человека и животных, нанесённые на глиняный сосуд комбинацией нескольких зубчиков гребенчатого штампа. Неолитическое искусство у нас, как и повсюду, отличается схематизмом и геометризмом.
Дюнных стоянок больше всего. Расположены они на дюнах, песчаных холмах, тянущихся вдоль рек (а также вдоль озёр и морей Белого и Балтийского), притом на склонах, обращенных к воде. Из этих стоянок наиболее известна Волосовская на Оке, близ Мурома. В ней найден так называемый волосовский клад множество прекрасно отделанных отжимной ретушью кремнёвых изделий, в том числе кинжалы, ножи и стрелы.
Итак, все наши стоянки жмутся к воде. Об этом говорит уже самое их распределение на торфяниковые, аллювиальные и дюнные — все они у самой воды. Во многих случаях удавалось проследить, что при опускании водного уровня (а он на протяжении веков колеблется) стоянки располагались ниже. В этом есть закономерность. Совпадение карты расселения с картой водной системы понятно уже потому, что в тогдашние лесные дебри люди проникали только по рекам и далеко от них не отходили. Водоразделы, заросшие непроходимым лесом, были ещё недоступны. Но близость к воде здесь настолько упорна, что может быть объяснена только рыболовством и водной охотой. Это подтверждается и статистикой костей: например, в Ладожской стоянке 80% костей принадлежат водной фауне (рыбы и водоплавающие птицы) и только 20% — наземной фауне. Впрочем, из животных, на которых охотились, большое значение имелось.
Можно проследить ещё одну закономерность расположения наших неолитических стоянок. Они находятся на малых реках и чаще всего в их устьях. Примыкая к такому устью, стоянка может примыкать с другой стороны к большой реке, большому озеру или морю (Белому или Балтийскому), но никогда она не помещается просто на берегу подобного крупного водоёма, если нет рядом малой реки. Отсюда можно сделать вывод о неумении осваивать для рыбной ловли большие водоёмы. В известной мере они использовались, но давали слишком ненадёжную добычу. Малые реки можно было перегораживать сетями на столбах и иметь верный улов. Организация производства и распределения при такой системе могла быть только коллективной.
Площадь стоянки обычно невелика, не более 3 тысяч м2. Жилища изучены преимущественно в советское время. Это землянки различных форм, над ними возвышались, надо полагать, шалаши. В центре землянки обычно находится очаг, сложенный из камней. Жилищ в стоянке, как правило, не более 10-12. Подсчитано, что взрослых жителей в таком посёлке в среднем было около пятидесяти.